微生態制劑主要用于降解氨氮、亞硝酸鹽、調水色、改善底質、調節ph值、抑制孤菌、發光菌的發生。在養殖池使用效果明顯。
一首先要了解養殖池的基本情況。如養殖品種、養殖密度、水質敗壞程度、水色、透明度、ph值、氨氮、亞硝酸鹽含量、所用消毒藥物的時間與品種、天氣、水溫等情況。
二準確測量水質指標。水體中氨氮、亞硝酸鹽濃度要測定準確。如果在測驗的比色板上，已達最高色階的時候，用純凈水稀釋后再檢測，達到一個精確的色階，再乘以稀釋倍數，即得水體氨氮、亞硝酸鹽濃度。 三使用前一定浸泡，激活活菌。海水高位池，水質敗壞嚴重的，一定要用養殖原池水浸泡活菌，并且加紅或白糖。
四選擇晴天，效果才能顯著。陽光對藻類的生長是非常重要的，活菌將有害物質轉化成硝酸鹽或硫酸鹽后，促使有益藻類快速繁殖，消耗有機物并能大量增加溶氧，把有害物質能氧化掉，使其水體動態平衡。
五水質敗壞嚴重的池塘，配合增氧劑或底質改良劑使用見效快。水質敗壞的池塘一般都溶氧偏低，而大量使用活菌后，活菌快速繁殖也要氧氣，會造成暫時缺氧，水質發生很大變化，養殖動物容易產生應激反應，不利水生動物的生存，所以說一定開增氧機24小時或使用增氧劑，以徹底降解有害物質，使水質穩定。
六根據水質敗壞程度，合理使用量。多年實踐證明，一般水質惡化嚴重的池塘，首次使用800克/畝·米水深，24小時補施400克，48小時補施300克，連續開啟增氧機或補施增氧劑，或配合底改都能收到滿意的效果。7-10天后，再少量補施，按300-400克/畝·米水深。
七有解毒的效果。由于天氣原因或使用量不夠充足，比色板上的色階變化不太明顯，但水生動物活力增強，開始攝食或攝食量增加。
八注意水溫。水溫在10℃以下時，不適宜施用，特別是天氣不好，水溫低，施用后效果不明顯，但不會有負作用，最適溫度20-25℃效果最明顯。
九搞清楚近期施用過那些消毒物。施用活菌前，要確認消毒藥物或抗菌素已經失效，方可施用。間隔時間一般3-5天(按24小時一天計算)。
十遇到水質敗壞嚴重的發病池塘，水質處理時，先用大劑量活菌加維生素c、e等抗應激類的物質(最好不要使用消毒劑，實踐證實，消毒過后，一般病情加重)，把水質調控好后再施用藥物，效果好，而且穩妥。
